Making last update in TG4PhysicsManager compatible with Geant6 9.6.x

Migration to Geant4 10.00.b01
(kept compatibility with 9.6.x via preprocessor option)
- removed TG4RootSolid::CreateNURBS()
- changed theParticleIterator with aParticleIterator in physics
  constructor classes
- get physicsVector via new G4VMPLData class in modular physics
  list classes (it is not a data member anymore)
- added new processes names in TG4ProcessControlMapPhysics and
  TG4ProcessMCMapPhysics

Removed unsused data member TG4StepManager::fTouchableHistory

- Added printing in SetIsUserMaxStep() and SetIsMaxStepInLowDensityMaterials()
- Extended guidelines for /mcDet/setLimitDensity and /mcDet/setMaxStepInLowDensityMaterials commands

- Making applying step limit in low density materials optional (default is
  off, what is different from previous)
- Adding commands:
  /mcDet/setIsUserMaxStep true|false
  /mcDet/setIsMaxStepInLowDensityMaterials true|false

Fix g4libs.C to handle correctly using external CLHEP
(From I. Das)

Fixed missing initialization of fIsPrint in ctor
(reported by Oliver Freyermuth)

Add default .gitattributes.

Convert svn:ignore properties to .gitignore.

- Added -b option to root.exe (to suppress opening visualization window)
- Fixed destination file in A01 test with G4 native geometry

Adding setting media parameters (needed for Geant3)

- Fixed setting of PAI model to selected particles in TG4EmModelPhysics
  and TG4EmModelPhysics default name (needed for mcVerbose command)
- Fixed units in TG4RegionsManager::PrintRegions()

Commented out debug line

Fix in loading Geant4 libraries: now libG3toG4 is included in the
geant4-config --libs output

Fixed filling optical photon status in TVirtualMC::StepProcess(),
as the G4StepPoint::GetProcessDefinedStep() now returns G4Transportation
and not G4OpBoundaryProcess as before.

Making version v2.14

Adding reference logs for new A01 example

Making version v2.14

Adding test macro in A01

Putting all G3toG4 dependend code behind USE_G3TOG4 option,
which is activated by default and can be inactivated via NO_G3TOG4
environment variable

In g4root:
Added TG4RootNavigator::GetGlobalExitNormal(), required with Geant4 9.6.
(Andrei)

Adding comments for Doxygen also in files in A01/geant4 and E03/geant4

Adding *.hh in FILE_PATTERNS

Fixed comments for Doxygen (moving to Doxygen 1.8.x)

Adding gMC->SetCollectTracks(kTRUE);

Reduced default number of particles (to 10) and events (to 5)
to get reasonable visualization

- Fixed default parameters to get reasonable visualization:
  default primary changed to muon+; 5 event

Updated visualization with TGeo

Updated comments about drawing tracks with TGeo

Removed setting of optical surface model (not available in 9.6)

Adding A01 example in run_suite.sh and test_suite.sh

Fixed documentation for Doxygen 1.8.x (indention has to be < 4 characters)

Reduced default number of particles (to 10) and events (to 5)
to get reasonable visualization

Default physics list changed to FTFP_BERT to be consistent with
the examples in Geant4 9.6

Renamed headers in geant4 with .hh extension
(to be consistent with E03)

- Fixed default parameters to get reasonable visualization:
  default primary changed to muon+; 5 event
_ Fixed geant4/src/A01DetectorConstruction.cxx:
  ContructMaterials() was commented out by mistake

Migration to Geant4 9.6

In examples:
Improved g4vis.in macros and removed use of gean4_vmc commands (now removed)

- Removed obsolete classes handling volume tree:
  TG4LVStructure, TG4LVTree, TG4LVTreeMessenger
- Removed obsolete methood TG4EventAction::DisplayEvent
- Removed obsolete command /mcEvent/drawTracks

Updated according to source/Makefile:
use of root-config, geant4-config; fixed list of headers

- Added explicit includes of G4SystemOfUnits.hh (required for Geant4 9.6);
- Fixed compiler warnings
- Updated welcome message

In geant4_vmc:
Migration to Geant 9.6: mapping new processes.

Added explicit includes of G4SystemOfUnits.hh and G4PhysicalConstants.hh
(required by Geant4 9.6)

Added explicit include of G4SystemOfUnits.hh;
commented out declaration of unused variables

Added explicit includes of G4SystemOfUnits.hh and G4PhysicalConstants.hh
(required by Geant4 9.6)

Improving TG4VSpecialCuts:
reorganized code to avoid unnecessary calculations before tests

Adding new example A01

Adding new example A01

Adding new example A01

Adding new example A01

Adding new example A01

Adding new example A01

Adding new example A01

Adding a directory for new example A01

In E02, E03: fixing comments for Doxygen

In geant4_vmc:
Fix in TG4OpGeometryManager::AddUnit(): all the "*SCINTILLATIONYIELD" properties
(for specific particles) are defined without a unit.

In geant4_vmc:
- In GetCurrentOffPhysicalVolume(..): use G4VTouchable::GetVolume(level)
  instead of GetHistory()->GetVolume(index)
- Adjust copyNo offset also for replicated physical volumes besides
  the parameterised ones (needed to support G4 native geometries)
- Taking into account the user limits defined in Geant4 native geometry
- Minor fix in handling the user physics selection in TG4RunConfiguration
  (to avoid building an empty extra physics list)

In geant4_vmc:
In TVirtualMC::SetMaterialProperty(..) implementation:
Added TG4OpGeometryManager::AddUnit() function which checks
the applicability of the defined material property and adds
unit where required in a consistent way.

In geant4_vmc:
Fix in TVirtualMC::GetSecondary implementation:
get track global time instead of the local one

In geant4_vmc:
Removing TGeant4 functions not defined in TVirtualMC interface:
TrackVertexPostion(), TrackVertexMomentum()

In TG4TrackManager:
Fixing units in PrimaryToStack() and TrackToStack();
thanks to Vito Di Benedetto (INFN) for reporting this.

In geant4_vmc:
Fixing bug in TVirtualMC::Gdtom() implementation (introduced in rev. 562)

In geant4_vmc:
Fix implementation of TGeant4::DefineParticle() with short argument list
(print a warning about a deprecated function).

In geant4_vmc:
Fixed mapping between Rootino and geantino;
user can now introduce chargedgeantino by setting the title "ChargedRootino"to
Rootino particle.

Removing redundant printing from TG4RunAction.cxx

Fixing previous commit (TG4RunActionMessenger class).

In geant4_vmc:
Implemented commands for activating saving random number status
and restoring it from a file:
/mcEvent/saveRandom [true|false]
/mcRun/saveRandom [true|false]
/mcRun/readRandom [true|false]
/mcRun/setRandomFile fileName

Fix in TG4ParticlesChecker:
Explicitly declare std::string (instead of G4String) when accessing
a char element via [0] to avoid compilation problem on Debian Lenny
(reported by Mohhamad Al-Turany)

Making version v2.13

In Doxyfile (all packages)
Set COLLABORATION_GRAPH    = NO

In examples/E03:
Now really adding G4 detector construction classes in example
(as G4 example libraries are not built with cmake),
- missing in rev. 559

In geant4_vmc:
Adding checking of duplicate particles names (in TG4ParticlesChecker)

In geant4_vmc:
Faster implementation of TVirtualMC::GetMediumID()
(the medium ID is now added in TG4SensitiveDetector object)

In geant4_vmc:
- Accessing current volume in track vertex via touchable
  (use of extra G4Navigat or is not needed anymore)
- Merging code executed on several lines in one line where suitable

In geant4_vmc:
Mapping photoNuclear and stackPopper processes to newly added TMCProcess codes (instead of kPNoProcess, kPNull)

Migration to Geant4 9.5:
geant4_vmc:
Modified building of physics list:
- Adding TG4ExtraPhysicsList with the following optional Geant4 builders:
  G4ExtraPhysics   -  moved from TG4EmPhysicsList;
  G4OpticalPhysics -  which has replaced TG4OpticalPhysics;
      this implies the changes of commands for configuring optical processes
  G4RadioactiveDecayBuilder - new
- The selection of builders in extra physics list is done via
  the following options added after PL:
  [+ extra][+ optical][+ radDecay]
Example E06:
- Adding setting parameters for Optical Mie Scattering (according N06)
- Update configuration optical processes using G4 commands

Migration to Geant4 9.5:
- Makefiles:
  use of geant4-config if G4INSTALL is not defined
- g4root:
  migration to new G4Exception
- geant4_vmc:
  - migration to changes in G4PhysListFactory
    (now all hadronic lists can be combined with all EM options)
  - adding process codes for PiMinusAbsorptionBertini and FTFNuclearCaptureAtRest
  - migration to changes in G4PhysicsOrderedFreeVector
- examples:
  - new g4libs.C macro with use of geant4-config;
    the macro based on liblist renamed to g4libs_old.C;
    previous g4libs_old.C (explicit loading) removed
  - E03:
    - adding G4 detector construction classes in example
      (as G4 example libraries are not built with cmake)
    - cleanup loading obsolete G4 physics list libraries
  - E06:
    removing special setting for G3 (it causes G4 exception
    and seems not to be needed for G3)

In geant4_vmc:
Fixing compilation with G4UI_NONE and G4VIS_NONE

In geant4_vmc:
Adding the user physics selection in the TGeant4 title, so that
it can be retrievable in a user application.

In geant4_vmc:
Adding checking particle name in TG4ParticlesChecker; improved printing format.

In geant4_vmc:
Fixing a bug in GetSecondary(..) reported by L. Zambelli:
there was missing conversion of units in the returned value of particle momentum.

In geant4_vmc:
Fixes in comments for Doxygen

In TG4SDConstruction:
Improved warning message.

In geant4_vmc:
Implemented a possibility to select sensitive volumes by the user;
in this case TVirtualMCApplication::Stepping() function is called only when
track is located in a sensitive volume.

In history:
Corrected date for v1.12 version.

Making version v2.12

In examples/E01:
Removing test for TVirtualMC::Gfmate (not available in Root 5.30/00);
putting test for new TVirtualMC::GetMaterial() within a condition on
Root version (to keep the example compiling with Root 5.28/00x)

In examples:
Adding a test for Geant4 physics lists: test_physics_lists.sh

In g4libs_old.C:
Adding new library libG4had_lend.so (needed with 9.5.b01)

In TG4HadronPhysicsList:
Adding ShieldingLEND selection (available in G4PhysListFactory
since 9.5.b01)

In geant4_vmc:
Adding missing processes (present in Geant4 9.4.p01 physics lists)
in the maps.

In geant4_vmc:
- Fix in TG4ParticlesManager for handling particles which have no equivalent in TDatabasePDG: the particle is now added in TDatabasePDG without issuing an exception
- Adding light anti-ions (ani_deuteron, anti_triton, anti_alpha, anti_He3) so that users do not to define them themselves via TVirtualMC::DefineParticle.
- Mapping processes from QGSP_FTFP_BERT physics list
- Fixing warning from Geant4 visualization

In examples:
- In E03:
  Adding an enum for primary particle generator selection and a primary
  generator with anti_nuclei and added this test in test_suite
- In E02, E03:
  Fixing warning from Root IO (no dictionary for class stack<Ex02Particle*)

In geant4_vmc:
- Adding a new TVirtualMC function:
    Bool_t GetMaterial(Int_t imat, TString& name,
                       Double_t& a, Double_t& z, Double_t& density,
                       Double_t& radl, Double_t& inter, TArrayD& par);
     ... which will replace the current Gfmate(...) functions
- Adding test test for this function in E01in E01
- Adding a warning in Gfmate() about deprecating of this function in the
  TVirtualMC interface

In examples:
- Adding a test for the new function GetMaterial() in E01
- Removing code calling Geant3 visualization functions from all
  examples code and macros

In g4root, geant4_vmc:
Fixing Coverity defects

Removing obsolete include paths from Makefiles

In geant4_vmc, examples:
- Fixing implementation of TVirtualMC::Gfmate()
- Adding test for this function in E01

In geant4_vmc, examples:
Fixing Coverity defects.

Making version v2.11

In examples/macro:
Updated list of Geant4 libraries (to geant4.9.4) in g4libs_old.C

Updating Doxyfile for Doxygen v 1.7.1