Second iteration of updating CMake build for ROOT6.

First iteration of updating CMake build for ROOT6. It builds on MacOSX but not yet run.

export MACOSXVERS which is needed in the Makefile.macosx* included in conftest.mk.

TDirectoryFile::GetKey() hash list optimization

Fix for ROOT-5513

Item https://sft.its.cern.ch/jira/browse/ROOT-5513 was fixed.
It was blocking the compilation of CMSSW.
Now xml files of the form
<lcgdict>
 <class name="edm::ErrorSummaryEntry" ClassVersion="10">
  <version ClassVersion="10" checksum="3974422774"/>
 </class>
 <class name="edm::ELseverityLevel" ClassVersion="10">
  <version ClassVersion="10" checksum="2388166397"/>
 </class>
 <class name="std::vector<edm::ErrorSummaryEntry>"/>
</lcgdict>

are properly digested by rootcling and the information passed
to TClass. Since TMapAttributeMap implements string and int
properties and they cover the 99% of the plausible usecases,
integer properties which cannot be stored in int variables
(like the checksums of CMS!) are stored as strings.

Fixed 2 important bugs in TGeoXtru affecting DistFromOutside and ComputeNormal. Added outside flag in TGeoBranchArray. Added SetLastSafety in TGeoNavigator.
(cherry picked from commit 88bce875172fa752c6e740ed26585360b84220a3)

Optimized TStyle::AxisChoice()

Fix enums declared in redecls of namespaces.

Fix fOffset calculation with rule applying to the whole object.

If a read rule does not a specific target, the corresponding StreamerElement
has a name that is not one of the data member (past or present) and thus
they need to be handled explicitly in TBranchElement::InitializeOffset.
A new 'bit' (kWholeObject) is introduced to explicitly distinguish those
type of StreamerElement.

(cherry picked from v5-34-00-patches commit db8ea8103f1cbc6bc7d514f33a1c02261ec0512c)

Improved doc, fix class/ns encoding for rootmap files

The TOC is now always visible.

Assert only when in debug mode *and* llvmdev mode

Support case in genreflex when the header are not all first on the command line

Fix mismatched new/delete

Fix RootCling arguments handling (reset once valid arg is found)

In the arguments check loop reset loop once a valid argument is
found, otherwise in case of an argument with value, the value will
be evaluated in the same iteration causing unexpected arguments
downstream.

E.g.,

    rootcling v4 -f dict.cc -cap cap.cxx <..>

It finds -cap options, reads capaFileName (cap.cxx) and increments
ic (argument counter) by 1. Yet we continue checking arguments
and at the end it pass through undesirabe options filter. Thus it
is added to clingArgs, which is wrong.

Signed-off-by: David Abdurachmanov <davidlt@cern.ch>
Signed-off-by: Philippe Canal <pcanal@fnal.gov>

Avoid creating an empty output file even in case of early failure

Avoid assert in rootcling/genreflex just because there is a user error

Fix race condition in Prefetching when using with a TChain.

Avoid race condition when moving from one TFile to another in a TChain by using a TSemaphore to mark the fact that there are still some prefetch requests in flight. By using this we ensure that the TTreeCache ( i.e. also the TFilePrefetch obj) is moved to the next file only when all in-flight requests are received. There are three things we need to take care of when moving the cache:
- make sure the async thread is not doing any work
- clear all blocks from prefetching and read list
- reset the file pointer in the prefetch obj

This was discovered when testing Prefeching on Alice jobs.  While using it on TChains, we discovered a race condition which was quite hard to replicate on a simple test machine and required some traffic shaping to spot it.

[From Elvin]

Drop grep and lipo -info from check_libcompat for Darwin

lipo supports -verify_arch option on Darwin target, which works
for fat and non-fat binaries. -verify_arch exists with status 0
if specified architecture is available in the binary.

Signed-off-by: David Abdurachmanov <davidlt@cern.ch>
Signed-off-by: Fons Rademakers <Fons.Rademakers@cern.ch>

Add 3 new env variables for ./configure: LIBTIFF, LIBPNG, and LIBJPEG

Adds 3 new environments variables to ./configure script:
- LIBJPEG
- LIBPNG
- LIBTIFF

Similar to like we handle ZLIB.

Signed-off-by: David Abdurachmanov <davidlt@cern.ch>
Signed-off-by: Fons Rademakers <Fons.Rademakers@cern.ch>

don't use most recent OSX SDK but, of course, use the one the system is running.

in case there is more than one OSX SDK installed, take by default the latest.

Fix bug when no rootmapfilename is in input to genreflex

Try to fix a compilation error on some platform.
use ::abs for integer types instead of std::abs

Merge branch 'master' of https://root.cern.ch/git/root

Only register temporaries for which lifetime extension is actually required.

set MACOSXVERSION also when cocoa is disabled.

simplify detection of OSXSDK and IOSSDK.

xlc compiler on OSX is not anymore supported.

Implement TMath::Abs in term of std::abs
See ROOT-5473

Implement TMath::Abs in term of std::abs
See ROOT-5473

Only register temporaries for which lifetime extension is actually required.

set MACOSXVERSION also when cocoa is disabled.

fix warning coming from latest clang++ from Xcode 5.

simplify detection of OSXSDK and IOSSDK.

xlc compiler on OSX is not anymore supported.

fix warnings flagged by latest clang++ 3.4.

fix compile error flagged by latest clang++ 3.4.

Disable tests on SLC6 32 bit.

Add getter and silence a warning.

80 Cols.

Fix bogus logic in capabilities file creation

rootcling was checking for the wrong string to be non empty.

DGRs can have a decl to be emitted, another not to be emitted.

When this oce comes from a #include through ParseForModules():
class A{} g;
A should be emitted, but not g.
This is now tested in roottest/root/meta/templateAutoload.

Fix capabilities files generation

The generation of capabilities files was added.
CMS indeed uses those to feed the FW plugin manager, which is
very similar to the good Old SEAL plugin manager.

Just reply on simplisticCast; register temporary. Fixes ROOT-5316.

Extract the enum decl without recursing, but iteration over decl context.

fix a typo

TPDF

Fix JIRA-ROOT-5488. The matrices used by the Td and Tm PDF text operators (used to position and rotate text) cannot be concatenate with the current transformation matrix. This produced wrong slanted text for greek letters when the text angle was not zero. Now the operator "cm" is used instead of Td and Tm, allowing to concatenate the text transformation  matrix with the matrix used slant the text.

Compile RuntimeException with exceptions enabled.

Fix logic in prepending directory to rootmapfile

Before, we prepended blindly the directory of the dictionary.
This is bogus, indeed the rootmapfilename can be specified with a
full path. Now we check if this is the case. If yes, nothing is
prepended and we assume the user condifured her call to genreflex
properly and she does not need any meaningful defaults.

Fix typo in the rootmapfilename variable

workarounds for string <-> basic_string mismatches and kExactMatch lookup failures

Cling workaround for resolving ::_Self of iterators (used in operator== arguments)

Add missing transaction before template instantiation

Synthesizing if(DeclRefExpr) throw requires cling to be run with rtti.

Fix that problem by introducing an indirection - a compiled function that throws.

Add trampoline that will help avoid running without -no-rtti.

White space change (to force recompilation)

Compile RuntimeException.o with -fexception

From Brian:
For CMS backward compatibility, allow SetCacheRead to disconnect the cache from being the current cache, but keep the file attached to the cache.

git-svn-id: http://root.cern.ch/svn/root/branches/v5-34-00-patches@45322 27541ba8-7e3a-0410-8455-c3a389f83636
(cherry picked from v5-34-00-patches commit c35d989727faa88c2103533e3ed4007919fd0d10)

Conflicts:
tree/tree/inc/TTreeCache.h

From Brian:
For CMS backward compatibility, allow SetCacheRead to disconnect the cache from being the current cache, but keep the file attached to the cache.

git-svn-id: http://root.cern.ch/svn/root/branches/v5-34-00-patches@45321 27541ba8-7e3a-0410-8455-c3a389f83636
(cherry picked from v5-34-00-patches commit eac731d2b12532ba0d2cd1986882bc0f82a1b8c4)

Merge Cristina's HasDict improvements (GetUnderlyingType; set of names)

Change the set of Types that collects the classes without Dictionaries to a set of strings representing the names of teh classes.

Corection to the typedef and template check.

Check for data members of template type instead of the template parameters.

Using TMetaUtils::GetUnderlyingType for missing dicionaries.

Use TMetaUtile GetUnderlyingType.

fix for compiling ROOT with an alternative gcc (e.g. 4.8.1), ROOT-5496, ROOT-5493.

Silence a warning.

Check and register result of CompileMacro(). Fixes ROOT-4329.

Register result of .L

Remove terminating comma; silences GCC warning

Use better name.

Remove unused files.

Extend the AST null deref checher and disable the IR checker.

This resulted in one change of warning kind, which is expected. I disabled the
test MetdhoCalls, Baozeng will look at it once he gets the code.

Visit the possible dereferences in-depth.

Raised verbosity level

Clarify what is thrown.

Refined error messages for the final commit

Cleanup

Move away from cout and use TMetaUtils::Error,Warning and Info.
Removed old commented lines.

Handle llvm_unreachable (in NDEBUG) as runtime_exception. Implements ROOT-5456

Typo

Improve exception reporting.

Add patch for not checking duplicate template default args from rootmap.

Annotate template parameters with default arguments as coming from rootmap.

This prevents Sema from complaining about duplicate default argumant declarations.

Duplicate declarations of template default argument from rootmap files are just fine.

Remove PCM utility headers left for debugging.

Callback to external storage now happens explicitly before Sema instantiates.

Add more rationale as to how this exception is different from others.

Use the correct routine.

Don't confuse cling this is a wrapper function.

Merge the two routines.

Reuse code.

Fix for ROOT-5317 + Cleanup

This is the fix for
https://sft.its.cern.ch/jira/browse/ROOT-5317
Now dictionaries, their headers and rootmap files are initially
created as temp files (_tmp suffix) and only at the end of the
rootcling main "committed" (renamed).
This allows to have them on disk in case of crashes and to
avoid that a build continues with an incomplete or bogus
dictionary. This is very dangerous, since that the compilation
may in an unfortunate case progress untill success and strange
runtime behaviours may emerge.

The cleanup refers to some an unnecessary and previously not
always working function, CleanUpOnExit and some general code
cleanups.

Silence warnings for unused fields.

Comment out that unused variable until the new llvm import.

revert auto detection of gcc-toolchain as method is not consistent.

Spell out that we want only one wrapper per transaction.

Use interprter's unique prefix.

Remove unused code.

Spaces.